肠镜检查通常需要挂消化内科或普通外科，部分医院设有专门的内镜中心也可直接挂号。不同医院科室设置存在差异，建议提前通过医院官网或导诊台确认具体科室安排。
消化内科主要负责肠道疾病的诊断和治疗，如炎症性肠病、肠息肉等非手术适应症。若患者以腹痛、腹泻、便血等症状就诊，消化内科医生会根据病情开具肠镜检查单。普外科则侧重于肠道肿瘤、肠梗阻等需手术干预的疾病，当肠镜发现恶性病变或复杂息肉时，可能转诊至该科。部分三级医院设立的内镜中心，可独立开展无痛肠镜、超声肠镜等专项检查。
检查前需完成血常规、凝血功能等基础检验，并按医嘱进行肠道准备。慢性病患者应提前告知医生用药史，糖尿病患者需调整降糖方案。检查后出现持续性腹痛或便血等情况应及时复诊。