经颅磁刺激治疗通常比较安全，但可能出现头痛、头皮不适、耳鸣、癫痫发作以及情绪变化等副作用，这些反应多数为轻微且暂时性的。具体表现存在个体差异，与刺激强度和治疗方案密切相关。
1、头痛
约半数患者在治疗后可能出现轻度头痛，主要与磁场刺激引起的头皮肌肉收缩有关。建议治疗后适当休息，必要时可遵医嘱服用布洛芬片、对乙酰氨基酚片等止痛药物缓解。
2、头皮不适
治疗部位可能出现刺痛、麻木或肌肉抽搐感，通常在30分钟内自行消退。调整线圈位置或降低刺激强度可有效减轻此类反应，治疗前需确保设备参数设置合理。
3、耳鸣
高强度刺激可能引发短暂性耳鸣，发生率约为3%-5%。治疗过程中佩戴耳塞可降低听觉器官受干扰的风险，出现异常听觉反应需立即终止治疗。
4、癫痫发作
发生率低于0.1%，多见于有癫痫病史或接受高频刺激的患者。治疗前需严格筛查禁忌证，使用标准化刺激方案可最大限度控制风险。
5、情绪变化
极少数患者可能出现焦虑、易怒等情绪波动，可能与神经调控影响边缘系统有关。症状多呈一过性，若持续超过24小时需联系主治医师调整治疗方案。
接受治疗期间应严格遵循操作规范，治疗前后避免饮酒或服用神经兴奋性药物。建议选择具有丰富操作经验的医疗机构，治疗过程中出现异常闪光幻视、持续抽搐等严重反应需立即中止治疗。总体而言，规范操作下的经颅磁刺激治疗安全性较高，严重并发症极其罕见。