卵巢囊肿是否会影响怀孕需根据囊肿性质和大小等因素判断。生理性囊肿通常不会影响受孕，但病理性囊肿可能降低生育能力或引发并发症。
1、生理性囊肿
大多数卵巢囊肿为生理性，如黄体囊肿或滤泡囊肿，通常在月经周期中自行消退。这类囊肿不会明显干扰卵巢功能或排卵过程，因此对怀孕影响较小。定期复查观察即可，无需特殊处理。
2、病理性囊肿
巧克力囊肿（子宫内膜异位症）或畸胎瘤等病理性囊肿可能影响受孕。巧克力囊肿会引起盆腔粘连、输卵管阻塞等问题，导致卵子排出或受精卵着床受阻。直径超过5厘米的囊肿可能压迫卵巢组织，影响卵泡发育。
3、并发症风险
囊肿发生蒂扭转或破裂时，可能引发急性腹痛需紧急手术，此时可能需切除部分卵巢组织。术后卵巢储备功能下降会直接影响生育能力，特别是双侧卵巢受累的情况。
存在卵巢囊肿且有生育需求的女性，建议尽早就医明确囊肿性质。医生可通过超声、肿瘤标志物等检查评估风险，必要时行腹腔镜手术剔除囊肿。术后根据卵巢功能情况，可在生殖科医生指导下科学备孕。