多菌灵在规范使用的情况下对人体一般没有直接毒性，但长期或大量接触可能对健康造成危害。该物质属于低毒类农药，正确使用时残留量通常符合安全标准，但需注意合理使用。
多菌灵主要用于防治植物真菌病害，其毒性取决于接触剂量和方式。在农业生产中，按照推荐浓度喷洒且经过安全间隔期后，农产品表面的残留量通常低于国家规定的最大残留限量。若长期通过食物链摄入微量残留，目前尚未发现明确的急性中毒案例，但动物实验表明高剂量可能影响肝肾功能。
不当使用可能带来风险。直接误服原药会引起恶心、呕吐等消化道症状，皮肤接触高浓度溶液可能导致刺激性皮炎。职业暴露人群若长期未采取防护措施，存在潜在肝肾损伤的可能性。国际癌症研究机构将其归类为3类致癌物，即尚未有足够人类致癌证据。
日常食用经过规范种植的农产品通常无需过度担心。建议选购正规渠道的果蔬，食用前用流水冲洗并浸泡15分钟，可有效去除表面残留。从事农业喷洒作业时应佩戴防护用具，避免原药接触皮肤或吸入雾滴。若发生意外接触或误服，应及时清除污染源并就医处理。