HPV二价疫苗、四价、九价HPV疫苗的预防效果差异主要在于预防的HPV型别范围和疾病种类。HPV二价疫苗主要预防高危型HPV16、18，四价增加了低危型HPV6、11，九价则在四价基础上扩展至高危型HPV16、18、31、33、45、52、58以及低危型HPV6、11。
1、HPV二价疫苗
主要针对HPV16型和18型两种高危型别，这两种型别与70%的宫颈癌相关。临床研究显示，二价疫苗对HPV16/18引起的宫颈癌前病变保护效力可达93%-100%，且对HPV31、33、45型存在交叉保护作用。
2、HPV四价疫苗
在二价基础上增加了对HPV6型和11型的预防，这两种低危型别与90%的生殖器疣相关。四价疫苗对HPV16/18相关的宫颈癌前病变保护效力与二价相似，同时可预防HPV6/11引起的肛门生殖器疣。
3、HPV九价疫苗
覆盖7种高危型（16、18、31、33、45、52、58）和2种低危型（6、11），可预防约90%的宫颈癌、85%的阴道癌及90%的生殖器疣。研究显示其对HPV31/33/45/52/58相关宫颈癌前病变保护效力达97.4%，尤其对女性高发的HPV52/58型具有针对性保护。
不同价型疫苗的适用年龄存在差异，二价和四价适用于9-45岁女性，HPV九价疫苗在国内获批接种年龄为9-45岁女性。建议根据年龄、可及性及经济条件选择，HPV九价疫苗的保护范围更广，但二价和四价仍能有效预防主要高危型HPV感染。所有疫苗均需在未感染HPV前接种效果最佳，且不能替代宫颈癌筛查。