复方嗜酸乳杆菌片长期服用可能存在一定的副作用，但具体风险因人而异，建议严格遵医嘱使用。该药物作为益生菌制剂，通常用于调节肠道菌群，但长期使用需警惕潜在不良反应。
肠道菌群失调症是长期服用的主要风险之一。虽然该药本身含有有益菌株，但过量补充可能打破肠道内原有菌群平衡，导致腹泻、便秘交替出现。部分患者可能出现腹胀、腹痛等消化道不适症状，尤其在肠道敏感人群中更为常见。对于免疫功能低下者，长期服用还存在极低概率的菌群移位风险，可能引发机会性感染。
为规避风险，用药期间需定期监测肠道功能变化。若出现持续腹部不适或排便习惯改变，应及时就医评估。治疗消化道疾病时，建议完成疗程后根据医生指导逐步停药，避免自行长期服用。同时需注意该药物与抗生素的相互作用，两者服用需间隔2小时以上。