干细胞治疗并非适用于所有患者，某些疾病可能因治疗风险或效果受限而需要禁用。通常存在活动性感染、恶性肿瘤、严重器官功能不全、凝血功能异常以及免疫系统疾病等患者需避免该治疗方式，具体需由医生评估决定。
1、活动性感染
干细胞治疗可能影响免疫系统功能，若患者存在未控制的细菌、病毒或真菌感染，如败血症、活动性结核等，接受治疗可能加重感染或引发全身炎症反应，导致病情恶化。
2、恶性肿瘤
恶性肿瘤患者存在癌细胞扩散风险，干细胞治疗可能通过促进血管生成或调节微环境等机制刺激肿瘤生长。例如白血病、淋巴瘤等血液系统肿瘤患者尤其需谨慎。
3、严重器官功能不全
心、肝、肺、肾等重要器官衰竭患者，其身体耐受性差，干细胞治疗过程中的细胞代谢产物可能加重器官负担，甚至诱发多器官功能衰竭等严重并发症。
4、凝血功能异常
存在血友病、血小板减少症等出血性疾病的患者，干细胞采集或输注过程可能增加出血风险，尤其是骨髓穿刺术等侵入性操作易引发血肿或难以止血。
5、免疫系统疾病
自身免疫性疾病如系统性红斑狼疮、类风湿关节炎等患者，其免疫系统处于异常激活状态，干细胞治疗可能进一步扰乱免疫平衡，诱发疾病活动或加重组织损伤。
存在上述疾病或其他基础病的患者，需在治疗前向医生详细告知病史。医疗机构会通过血液检测、影像学评估等手段综合判断治疗可行性，患者应遵循个体化医疗方案，避免盲目接受治疗。