阴茎尖锐湿疣涂药膏后的见效时间因人而异，通常需要2~4周开始见效，具体与药物类型、病情严重程度、个人体质等因素有关。若持续用药超过6周仍无改善，应及时复诊调整治疗方案。
药膏的起效时间与药物成分密切相关。例如咪喹莫特乳膏通过激活局部免疫反应发挥作用，起效相对缓慢，可能需要连续使用4周以上；而鬼臼毒素酊通过直接破坏疣体细胞，可能在用药后1~2周观察到疣体脱落。但无论使用何种药物，都需要严格遵循医嘱规定的用药周期和频次。
病情严重程度直接影响见效速度。直径小于5毫米、数量少于5个的早期疣体，在规范用药后2~3周可能明显缩小。对于融合成片或体积超过1厘米的疣体，往往需要配合冷冻、激光等物理治疗才能完全清除。此外，患者的免疫功能状态也会影响疗效，合并HIV感染或长期使用免疫抑制剂者，单纯药膏治疗的见效时间可能延长至6~8周。
用药期间应完整记录疣体变化情况，每周拍摄患处照片便于对比观察。即使疣体完全脱落，仍需按疗程巩固治疗2周以上以清除潜在感染。治疗期间需保持患处清洁干燥，避免搔抓引起病毒扩散，同时性伴侣应同步检查，防止交叉感染复发。