MRI检查通常可以用于中枢神经系统疾病、骨关节系统疾病、腹部及盆腔疾病、心血管疾病以及肿瘤性疾病的诊断。MRI具有无辐射、多方位成像的优势，能够帮助医生明确病灶范围和性质。
1、中枢神经系统疾病
MRI对脑部及脊髓病变的诊断具有较高敏感性，例如脑梗死、脑肿瘤、脑炎、多发性硬化等。其高分辨成像可清晰显示脑灰白质分界、脑室结构及微小病灶，还能通过弥散加权序列早期发现缺血性脑卒中。
2、骨关节系统疾病
MRI能清晰显示软骨、韧带、半月板及骨髓病变，常用于膝关节半月板撕裂、肩袖损伤、股骨头坏死等疾病的诊断。对于隐匿性骨折、骨挫伤等X线难以发现的病变具有独特优势。
3、腹部及盆腔疾病
MRI可评估肝脏血管瘤、胰腺炎、肾囊肿等腹部病变，对子宫肌瘤、子宫内膜异位症等妇科疾病以及前列腺癌等泌尿系统疾病的诊断具有较高准确性。磁共振胰胆管成像（MRCP）还能无创检查胆道系统。
4、心血管疾病
心脏MRI可评估心肌病变、心包疾病及先天性心脏病，能精准测量心室功能。磁共振血管成像（MRA）可显示主动脉夹层、动脉瘤等血管病变，且无需注射造影剂即可观察血流动力学变化。
5、肿瘤性疾病
MRI广泛用于全身各部位肿瘤的定位、分期及疗效评估，如乳腺癌、肝癌、脑胶质瘤等。其多参数成像特点有助于鉴别肿瘤良恶性，动态增强扫描可观察肿瘤血供特征。
进行MRI检查前需去除身上金属物品，装有心脏起搏器、人工耳蜗等金属植入物者禁止检查。对于幽闭恐惧症患者，可提前与医生沟通采取镇静措施。具体检查部位和序列选择需由临床医生根据病情决定。