埃博拉病毒的平均致死率约为50%，不同毒株和疫情情况下波动较大，致死率范围在25%至90%之间。世界卫生组织统计数据显示，部分暴发疫情中扎伊尔型埃博拉病毒的死亡率可达60%-90%，而本迪布焦型毒株的致死率相对较低。
埃博拉病毒的高致死性与其致病机制密切相关。病毒通过抑制人体免疫应答、引发细胞因子风暴以及破坏血管内皮细胞等途径导致多器官衰竭。其中扎伊尔型毒株的病毒载量更高、复制速度更快，容易造成更严重的凝血功能障碍和弥散性血管内凝血。医疗资源的可及性也是关键因素，在具备重症监护条件的医院中，通过静脉补液、电解质纠正和呼吸支持等综合治疗可将死亡率降低约20%。
预防埃博拉病毒感染需避免接触果蝠等自然宿主，严格处理感染者体液污染物。出现发热、出血等症状应立即前往传染病专科医院隔离治疗。目前已有单克隆抗体药物通过世界卫生组织预认证，及时使用可改善预后。疫区人员应遵循国际疫苗接种建议，接触高风险环境后需进行21天医学观察。