百日咳的痊愈时间通常需要2到3个月，具体恢复时长因病情严重程度及个体差异有所不同。该疾病病程分为卡他期、痉咳期和恢复期，各阶段症状持续时间不同，部分患者可能出现并发症导致病程延长。
百日咳的自然病程可分为三个阶段。卡他期主要表现为类似感冒的流涕、低热等症状，通常持续1到2周。痉咳期以阵发性痉挛性咳嗽为特征，咳嗽发作时可能出现鸡鸣样回声，此阶段持续时间较长，通常为2到6周。恢复期咳嗽频率和强度逐渐减弱，约持续2到3周可完全缓解。
婴幼儿、老年人及免疫力低下者病程可能延长，若继发肺炎、脑病等并发症，需额外治疗时间。治疗期间需保持室内空气流通，避免刺激性气味，采用少食多餐方式维持营养。若出现呼吸暂停、抽搐或意识障碍等危重症状，需立即就医进行针对性治疗。整个病程中应严格遵医嘱用药，规范完成抗生素疗程。