百日咳的治疗周期通常为2至3周，但具体时间可能因病情严重程度、治疗时机及个体差异有所不同。及时规范治疗有助于缩短病程，而未经有效干预的咳嗽症状可能持续数周甚至数月。
百日咳的治疗周期主要与疾病阶段和干预措施有关。在卡他期及时使用抗生素治疗，如阿奇霉素、红霉素或克拉霉素，可有效抑制细菌增殖，通常5至7天即可控制感染。若进入痉咳期再开始治疗，虽然抗生素仍能降低传染性，但对已形成的呼吸道损伤改善有限，阵发性咳嗽可能持续6至10周。婴幼儿、老年人及免疫低下者的恢复期通常更长，且易并发肺炎等继发感染。
患者应尽早在咳嗽发作1至2周内就诊，遵医嘱完成全程抗生素治疗。治疗期间需保持环境湿润，采用少食多餐方式预防呕吐，密切观察呼吸频率和面色变化。家庭成员应注意佩戴口罩防护，婴幼儿接触者可在医生指导下进行药物预防。若出现呼吸暂停、紫绀或持续高热等情况，需立即急诊处理。