儿童鼻炎治疗通常需要挂耳鼻咽喉科或儿科。若医院分科较细，可选择儿科耳鼻咽喉科；若存在过敏因素，还可考虑过敏反应科就诊。
儿童鼻炎的治疗科室选择与医院设置有关。多数综合医院将儿童鼻炎归为耳鼻咽喉科诊治，因该科室专门处理鼻腔、咽喉等部位的疾病。若就诊医院设有儿科耳鼻咽喉亚专科，则可直接选择该科室，这类专科医生更熟悉儿童鼻腔结构特点及用药剂量。部分儿童专科医院会将鼻炎患儿分流至儿科呼吸专科，尤其是伴随咳嗽、喘息等症状时。
对于过敏性鼻炎患儿，若需要检测过敏原或进行脱敏治疗，可前往过敏反应科就诊。若患儿年龄较小或家长对初诊科室不确定，建议先到儿科进行初步评估，医生会根据病情严重程度及伴随症状决定是否转诊至专科。就诊时可携带既往病历、过敏史资料及正在使用的药物清单，便于医生全面了解病情。