扁桃体切除手术一般不会对免疫功能产生明显的负面影响。扁桃体作为免疫系统的一部分，在儿童时期对病原体的识别和防御具有一定作用，但随着年龄增长，其功能会逐渐被其他免疫组织替代。
扁桃体主要参与局部免疫反应，尤其在口腔和上呼吸道感染中发挥作用。对于反复发生扁桃体炎或存在呼吸阻塞的患者，手术切除后通常不会导致整体免疫功能显著下降。人体其他淋巴组织如腺样体、脾脏等会代偿其功能。研究表明，术后患者的免疫球蛋白水平和感染发生率与未手术人群无显著差异。
术后恢复期间，患者可通过均衡饮食、适度锻炼等方式维持免疫力。若存在免疫缺陷疾病或年龄较小的情况，建议在医生指导下综合评估手术利弊，并定期监测免疫相关指标。