果木炭在正确使用的情况下一般不会导致中毒，但如果燃烧不充分或通风不良，可能产生一氧化碳等有害气体，存在中毒风险。使用时应确保环境通风良好，避免在密闭空间内长时间使用。
果木炭燃烧时若氧气不足，易生成一氧化碳。这种气体无色无味，吸入后会与血红蛋白结合，阻碍氧气运输，导致头痛、眩晕、恶心甚至昏迷。在室内或帐篷等封闭环境中使用果木炭取暖或烹饪时，需特别注意开窗通风。
燃烧质量差的果木炭可能含有杂质或添加剂，不完全燃烧时可能释放苯、甲醛等挥发性有机物。这些物质长期接触可能对呼吸道和神经系统造成损害。建议选择正规厂家生产的无添加果木炭产品，避免使用不明来源的炭材。
使用果木炭烧烤时，建议在室外开阔区域操作，保持空气流通。若需在室内使用，应安装一氧化碳报警器并控制燃烧时间。出现头晕、呼吸困难等中毒症状时，应立即转移至通风处并就医。存放时应保持干燥，避免受潮影响燃烧效率。