六神曲一般不建议长期服用。该药物属于消食导滞类中药，适用于食积不化、脘腹胀满等症，但需中病即止，避免久服引发不良反应。
长期服用六神曲可能刺激胃肠黏膜，导致反酸、食欲减退等不适。其成分中的辣蓼、青蒿等具有辛散特性，持续使用易耗损脾胃阳气，影响运化功能。此外，药物中的发酵物质可能改变肠道菌群平衡，诱发腹泻或便秘。若用于儿童，更需严格遵循疗程，因其消化系统尚未发育完善，长期用药可能干扰营养吸收。
服用六神曲期间如症状缓解应适时停药，慢性病患者需在中医师指导下调整用药方案。日常应注意饮食规律，避免暴饮暴食，配合腹部按摩促进消化。若服药三天后症状无改善或出现便血、持续呕吐等情况，应立即停用并就诊。