参茸鞭丸与参茸三鞭丸的疗效优劣需结合患者具体病情及体质进行判断，不可一概而论。两者虽均用于补肾壮阳，但适应症存在一定差异。
1、适应症不同
参茸鞭丸主要用于肾阳不足引起的腰膝酸软、性功能减退等症，其成分侧重温补肾阳。参茸三鞭丸在此基础上增加了三鞭（如鹿鞭、狗鞭等），适用于更严重的肾阳虚衰、阳痿早泄，对生殖系统功能低下有针对性改善作用。
2、作用强度差异
参茸三鞭丸因含有动物鞭类药材，其补肾壮阳作用通常更强，适合病程较长或症状较重的患者。参茸鞭丸药性相对温和，更适合轻度肾阳虚或需长期调理的亚健康人群。
3、体质适宜性
湿热体质或阴虚火旺者均不适宜服用这两种药物。参茸三鞭丸的温燥之性更强，若不对症使用更易引发口干舌燥、便秘等不良反应，需严格遵循中医辨证原则选用。
选择药物时应由中医师通过脉诊、舌诊等辨证手段明确证型。服药期间需忌食辛辣刺激食物，避免与茶、萝卜同服影响药效。若出现鼻衄、头晕等不适症状应立即停药就诊，慢性病患者需定期复查肝肾功能。