肛窦炎经过规范治疗通常可以治愈，但若未及时干预或反复感染可能转为慢性。多数患者通过药物及手术等治疗方式可获得良好效果，具体预后与病情严重程度、治疗依从性等因素有关。
肛窦炎急性期在医生指导下使用抗生素如头孢克肟片、阿莫西林胶囊、甲硝唑片等控制感染，配合高锰酸钾坐浴促进局部血液循环，多数患者炎症可逐渐消退。若形成脓肿或窦道，需及时手术切开引流或切除病灶，术后定期换药并保持肛周清洁，通常预后较好。但治疗期间若未遵医嘱停药、未改善久坐或便秘等诱发因素，可能导致病情迁延不愈，出现肛周持续疼痛、分泌物增多等慢性表现。
建议患者出现肛门坠胀、排便不尽感等症状时尽早就医，通过肛门指检、直肠镜检查明确诊断。治疗期间需避免辛辣饮食，保持每日温水坐浴15分钟，便后使用柔软纸巾清洁，穿着透气棉质内裤。术后患者应定期复查直至创面完全愈合，日常注意膳食纤维摄入预防便秘，降低复发风险。