益生菌的服用时间通常可以根据具体剂型和个人情况选择空腹或饭后，一般没有绝对的最佳时间。不同益生菌产品可能因菌株类型、制剂工艺等存在差异，建议参考产品说明或医生指导。
部分益生菌需要在饭后服用，尤其是对胃酸较敏感的菌株。饭后胃酸浓度相对较低，此时服用可能减少胃酸对益生菌的破坏，提高其在肠道中的存活率。例如，某些双歧杆菌制剂建议随餐或餐后立即服用，以利用食物中和胃酸的环境。此外，对于胃肠道敏感的人群，饭后服用还能降低益生菌刺激胃部引起不适的风险。
若产品说明未明确要求，空腹服用也可能适用。例如，部分耐酸处理的益生菌胶囊可以在胃酸中保持稳定，空腹时更利于快速进入肠道定植。但自行调整服用时间前，建议咨询医生或药师。储存时注意避光防潮，确保活菌有效性。