细菌和真菌的区别主要在于细胞结构、繁殖方式以及生存环境等方面。两者在生物学分类、形态特征和生理功能上存在显著差异，了解这些差异有助于正确区分微生物类型。
1、细胞结构不同
细菌属于原核生物，其细胞结构简单，没有成形的细胞核，遗传物质分散在细胞质中。细胞壁成分主要为肽聚糖，部分细菌具有荚膜或鞭毛。而真菌属于真核生物，具有完整的细胞核结构，细胞壁主要成分为几丁质，细胞器结构更为复杂。
2、繁殖方式不同
细菌主要通过二分裂进行无性繁殖，繁殖速度快且周期短，例如大肠杆菌每20分钟可分裂一次。真菌的繁殖方式多样，既能通过孢子进行有性繁殖，也能通过菌丝断裂进行无性繁殖，部分真菌如酵母菌还可出芽生殖。
3、生存环境差异
细菌的适应能力极强，可在极端环境中生存，如高温温泉、高盐湖泊甚至动物消化道。真菌通常需要潮湿环境和有机物质作为营养来源，常见于腐烂的植物体、土壤或潮湿的建筑物表面，部分种类可在人体皮肤表面定植。
在医学检测和疾病治疗中，准确区分细菌和真菌对确定感染类型至关重要。实验室常通过革兰氏染色、培养特性或分子检测进行鉴别。若发现疑似微生物感染症状，应及时就医进行专业检测，避免自行使用抗菌药物导致耐药性产生。