做胃肠镜检查通常需要挂消化内科或消化内镜科，部分医院分科较细的情况下也可直接选择消化内镜中心。若存在消化道肿瘤、肠梗阻等需外科干预的情况，可能需要挂普外科或胃肠外科就诊。具体分科情况可提前咨询医院导诊台。
1、消化内科
消化内科是处理胃肠道疾病的常见科室，若患者因腹痛、腹泻、反酸等症状就诊，医生会根据病情建议进行胃肠镜检查。该科室主要负责胃炎、胃溃疡、肠炎等常见疾病的诊断和治疗，检查后可直接制定后续治疗方案。
2、消化内镜科
部分三甲医院设立独立的内镜中心，配备专业内镜医师和先进设备，专门进行胃肠镜、胶囊内镜等检查。这类科室可一站式完成预约、检查及活检，适合单纯需要筛查或复查的患者，如体检发现便隐血阳性、有胃癌家族史的人群。
3、普外科或胃肠外科
当胃肠镜检查发现肿瘤、息肉、消化道出血等需要手术的情况时，需转至外科治疗。例如肠镜检查发现结肠癌病灶，胃肠外科医生会结合病理结果评估手术指征，并制定腹腔镜或开腹手术方案。
就诊前建议明确自身症状，如以反酸、恶心等消化道症状为主首选消化内科；若以体检筛查为目的可直接预约内镜中心。不清楚分科时可携带既往病历资料到导诊台咨询，检查前需按医嘱做好肠道准备，完善血常规、凝血功能等术前检查。