百香果的籽通常可以直接食用，一般不会对人体造成危害。其种子质地较硬，但经过咀嚼后可以随果肉一同吞咽，不会产生毒性作用。
百香果的籽体积较小且外层有坚硬种皮，进入消化道后通常不会被完全消化，多数会随着粪便排出体外。这类种子含有膳食纤维和少量油脂成分，适量摄入有助于促进肠道蠕动。但对于胃肠功能较弱的人群，若短时间内大量食用未充分咀嚼的硬籽，可能引起腹胀或排便时轻微不适。
日常食用百香果时，建议将果肉连同籽一起咀嚼后再吞咽，避免直接整粒吞服。幼儿或吞咽功能欠佳者可将果肉过滤后饮用果汁。若食用后出现持续腹痛等异常症状，建议暂停摄入并观察身体反应。
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