灰指甲真菌感染可以通过药物治疗、物理治疗及日常护理等方式进行根治，常见方法包括日常护理、外用药物、口服药物、激光治疗、手术拔甲。由于真菌感染较顽固，需长期规范治疗并结合生活习惯调整。
1.日常护理
保持足部干燥透气，每日更换棉袜并用60℃以上热水烫洗。定期消毒修剪工具，避免与他人共用鞋袜。公共浴室建议穿防水拖鞋，患处接触物品需用含氯消毒剂浸泡处理。
2.外用药物
抗真菌外用药可直接作用于感染部位，抑制或杀灭真菌。常用药物如阿莫罗芬搽剂等，需每日涂抹并坚持数月。用药前建议锉薄病甲，以增强药物渗透。若甲板增厚明显，可联合尿素软膏软化后清除。
3.口服药物
适用于多甲受累或外用药效果不佳者，常用盐酸特比萘芬片等。服药期间需定期监测肝功能，可能出现胃肠道不适等副作用，妊娠期及肝病患者禁用。
4.激光治疗
通过特定波长激光产生高热破坏真菌结构，适用于不宜口服药物者。该疗法无创但可能存在暂时性疼痛，需配合药物提高治愈率。
5.手术拔甲
针对严重增厚、变形的单个病甲，可在局麻下拔除甲板并清理甲床。术后需每日换药，待新甲生长期间配合抗真菌治疗。该方法创伤较大，可能继发细菌感染，现已较少采用。
治疗期间应遵医嘱定期复查真菌镜检，症状消失后仍需巩固治疗1-2个月以防复发。合并糖尿病或免疫缺陷病者需积极控制基础疾病。若治疗6个月未见改善，建议进行真菌培养及药敏试验调整方案。