藿香正气口服液作为中成药，其副作用可能包括胃肠道不适、过敏反应、肝肾功能影响、中枢神经系统症状、药物相互作用等，具体存在个体差异。用药期间需密切观察身体反应，若出现异常应及时停药并就医。
1、胃肠道不适
部分患者服用后可能出现恶心、呕吐、腹胀或腹泻等症状，可能与药物中的苍术、厚朴等成分刺激胃肠黏膜有关。敏感体质人群或空腹服药时更容易出现此类反应。
2、过敏反应
个别患者会出现皮肤瘙痒、红斑、荨麻疹等过敏表现，严重时可能引发呼吸困难或过敏性休克。这与方中白芷、陈皮等药材含有的挥发性成分引发的免疫应答相关。
3、肝肾功能影响
长期或过量服用可能增加肝肾代谢负担，特别是原有肝肾疾病的患者，可能出现转氨酶升高、尿液异常等情况。紫苏叶等成分的代谢产物可能对敏感人群的肝肾细胞产生轻微影响。
4、中枢神经系统症状
少数患者服药后会出现头晕、头痛、嗜睡等神经系统症状，可能与药物中的挥发油成分透过血脑屏障有关，通常停药后可自行缓解。
5、药物相互作用
与头孢类抗生素、降糖药或抗凝剂合用时，可能因乙醇成分引发双硫仑样反应或影响药物代谢，导致疗效异常或不良反应加重。
该药物需在中医师指导下使用，避免长期连续服用。特殊人群如孕妇、哺乳期妇女、儿童及肝肾功能不全者应谨慎使用。服药期间忌食生冷油腻食物，若症状持续加重或出现严重过敏反应，应立即前往急诊科就诊。