紧急避孕药的副作用通常不会对生育能力造成长期影响。正确使用的情况下，其成分在体内代谢较快，不会持续干扰生殖系统的正常功能。
紧急避孕药的主要作用机制是抑制或延迟排卵，并通过改变子宫内膜厚度干扰受精卵着床。其有效成分左炔诺孕酮属于大剂量孕激素，单次用药后约3-5天即可完成代谢。月经周期可能因药物作用出现暂时性紊乱，但多数女性会在1-2个月经周期内自然恢复规律排卵功能。
需要关注的是反复多次使用可能带来的风险。频繁使用（每月超过1次）可能导致内分泌紊乱，使月经周期变得不规律，这会间接影响受孕时机的判断。但这种情况属于可逆性改变，停止用药后通过身体自我调节多能恢复正常。若持续出现月经异常超过3个月，建议进行妇科内分泌检查。
存在基础妇科疾病者需特别注意。原本患有子宫内膜异位症、多囊卵巢综合征等疾病的女性，使用紧急避孕药后可能出现症状加重，这种情况需要专业医生评估疾病本身对生育的影响程度。建议采取常规避孕措施，每年妇科检查不少于1次，发现异常出血或持续腹痛应及时就诊。