果葡糖浆与天然糖在来源、成分、代谢方式等方面存在一定区别。果葡糖浆是通过工业加工玉米淀粉制成，而天然糖主要来源于甘蔗、甜菜、蜂蜜等天然物质。
果葡糖浆的主要成分为葡萄糖和果糖，其中高果糖浆的果糖比例可达55%-90%，而天然糖如蔗糖水解后生成等量的葡萄糖和果糖。在代谢过程中，果葡糖浆中的游离果糖可直接被肝脏代谢，可能增加脂肪合成风险；天然糖中的果糖与葡萄糖以化学键结合，代谢速度相对较慢。从健康影响看，过量摄入果葡糖浆可能更易导致血脂异常和胰岛素抵抗，但两者过量食用均可能引发肥胖等问题。
日常选择时建议控制添加糖总量，优先选用含矿物质和维生素的天然糖源如蜂蜜、枫糖浆，同时注意阅读食品标签。特殊人群如糖尿病患者应在营养师指导下选择糖类摄入方式，避免过量摄入引发健康风险。