喝柠檬水通常对排毒及改善消化功能有一定的辅助作用，但具体效果因人而异。适量饮用可能带来益处，但过量可能引发不适，需根据个人体质调整。
柠檬水中的维生素C和柠檬酸等成分具有一定的抗氧化作用，可能帮助中和体内自由基，间接支持肝脏代谢功能。但人体本身具有完善的排毒系统，如肝脏和肾脏，单纯依赖柠檬水并不能替代这些器官的正常工作。目前尚无充分医学证据表明其具有直接排毒功效。
在改善消化方面，柠檬水的酸性成分可能刺激胃酸分泌，促进食物分解，适合胃酸分泌不足的人群餐后适量饮用。但对于胃酸过多或患有胃食管反流的人群，可能加重反酸、烧心等症状。此外，温水冲泡的柠檬水可能通过舒缓胃肠道平滑肌来缓解轻微腹胀。
饮用时应避免空腹大量摄入，每日建议不超过1个柠檬的榨汁量，且需用温水稀释。胃肠敏感者应注意观察自身反应，若出现胃痛、反酸等情况需立即停止。长期依赖柠檬水调理身体可能影响牙齿珐琅质，饮用后建议清水漱口。若存在持续性消化不良或代谢异常，应及时就诊查明病因。