阴茎流脓的治疗需根据具体病因选择药物，不存在“最好”的治疗方法。常见治疗方法包括抗生素治疗、抗病毒治疗、局部清洁护理、性伴侣同治以及预防措施等，建议及时就医明确病因后规范治疗。
1、抗生素治疗
细菌感染是阴茎流脓的常见原因，如淋病奈瑟菌感染可使用注射用头孢曲松钠、头孢克肟分散片等头孢类药物；衣原体感染可选用盐酸多西环素片、阿奇霉素片等大环内酯类药物。需通过药敏试验选择敏感抗生素，避免自行用药导致耐药。
2、抗病毒治疗
若为生殖器疱疹病毒感染引起，需口服阿昔洛韦片、盐酸伐昔洛韦片等抗病毒药物，配合干扰素凝胶等外用制剂。此类病毒具有潜伏性，需遵医嘱足疗程用药。
3、局部清洁护理
每日用生理盐水或硼酸洗液清洗患处，保持会阴部干燥清洁。合并溃疡时可涂抹红霉素软膏预防继发感染，避免使用刺激性强的消毒剂。
4、性伴侣同治
确诊为淋病、衣原体感染等性传播疾病时，需确保性伴侣同步接受检查和治疗，治疗期间禁止性接触，防止交叉感染和疾病传播。
5、预防措施
治疗期间每日更换消毒内裤，避免与他人共用浴巾等个人物品。急性期应卧床休息，多饮水促进排尿冲洗尿道，饮食需避免辛辣刺激食物。
出现阴茎流脓症状应立即前往皮肤性病科就诊，通过尿道分泌物涂片、PCR检测等明确病原体类型。治疗期间需严格遵循医嘱完成全程用药，即使症状消失也不可擅自停药，疗程结束后需复查确认病原体清除情况。