长期适量食用孜然通常对身体有一定益处，但过量或不当食用可能带来不良影响。其成分和特性决定了在不同人群中的反应可能存在差异。
孜然富含膳食纤维、铁元素及抗氧化物质，适量食用可促进消化液分泌，辅助改善食欲和肠道蠕动。其含有的挥发油成分对部分病原微生物有一定抑制作用。但孜然属于温性香料，长期过量摄入可能刺激胃肠黏膜，尤其对于慢性胃炎、胃溃疡等患者可能加重反酸、腹痛症状。药理学研究显示，孜然中的某些活性成分可能影响抗凝血药物代谢，服用华法林等药物期间需特别注意食用量。
建议日常烹饪中控制孜然使用量，单次使用不超过5克为宜。阴虚火旺体质人群若出现口腔溃疡、便秘等症状时应减少摄入。食用后出现持续性胃部灼热感或皮疹等过敏反应，应及时停止食用并就医。特殊人群如孕妇、术后患者建议在医师指导下合理食用香料类食材。