替加环素和万古霉素在抗菌谱、适应症、不良反应及作用机制等方面存在区别。替加环素属于广谱抗生素，而万古霉素主要针对革兰氏阳性菌，临床需根据感染类型及病原体合理选择。
1、抗菌谱
替加环素对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌及厌氧菌均有抗菌活性，尤其对多重耐药菌如耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）有效。万古霉素主要针对革兰氏阳性菌，包括MRSA、肠球菌等，但对革兰氏阴性菌几乎无作用。
2、适应症
替加环素适用于复杂性腹腔感染、皮肤软组织感染等，常用于其他抗生素治疗无效的情况。万古霉素主要用于MRSA引起的血流感染、心内膜炎及艰难梭菌相关性腹泻的替代治疗，也用于青霉素过敏患者的革兰氏阳性菌感染。
3、作用机制
替加环素通过抑制细菌蛋白质合成发挥作用，属于甘氨酰环素类抗生素。万古霉素通过结合细菌细胞壁前体肽聚糖的D-丙氨酰-D-丙氨酸部分，干扰细胞壁合成，属于糖肽类抗生素。
4、不良反应
替加环素可能引起恶心、呕吐等消化道反应，且存在肝功能异常风险。万古霉素常见肾毒性、耳毒性及“红人综合征”（快速输注时出现面部潮红、皮疹），需监测血药浓度。
使用这两类抗菌药物均需严格遵循适应证，根据病原学检查结果选择。治疗过程中需监测肝肾功能及药物浓度，避免与其他肾毒性药物联用。具体用药方案应根据感染严重程度、患者基础状况由医生综合评估后制定。