十三味菥蓂丸作为藏药复方制剂，通常具有清热解毒、利尿通淋、消炎止痛、改善尿路症状以及调节肾脏功能等功效和作用。其组方遵循藏医理论，适用于特定证型的泌尿系统疾病调理。
1、清热解毒
该药通过藏药成分的协同作用，可清除下焦湿热，适用于因热毒蕴结引起的尿路灼热感。其寒性药材能中和体内过盛的热邪，缓解因湿热导致的排尿不适。
2、利尿通淋
所含的利尿成分能增加尿液生成，促进尿道通畅，帮助冲刷尿路中的病理产物。对于小便涩痛、尿频症状，可通过增强膀胱气化功能来改善。
3、消炎止痛
部分药材具有抑制炎症介质释放的作用，可减轻尿路黏膜充血水肿状态。对于急慢性尿路感染引发的下腹坠痛，能发挥缓解效果。
4、改善尿路症状
通过多靶点作用调节尿路平滑肌张力，可缓解排尿时的灼痛感和尿意窘迫。对尿色浑浊、小便不利等症候群具有综合调理作用。
5、调节肾脏功能
在藏医理论中，该药可协调肾与膀胱的生理功能，促进代谢废物排泄。对于湿热蕴结型肾炎的辅助治疗，能帮助减轻肾脏负担。
该药物需在藏医辨证指导下使用，适用于特定的"赤巴"紊乱证型。服用期间应避免辛辣饮食，注意观察排尿变化。慢性肾病患者使用前需经专业医师评估，不可自行盲目用药，防止延误器质性病变的诊治。