肾小囊肿通常不会自行消失，但部分囊肿可能在较长时间内保持稳定或变化不大。肾囊肿多为良性病变，单纯性肾囊肿的生长速度较慢，且体积较小者一般不会引起明显症状。
1、不会自行消失
单纯性肾囊肿由肾小管憩室发展形成，囊内充满液体且囊壁完整。这类囊肿一旦形成，通常不会自行吸收或消退，可能随年龄增长缓慢增大，但多数无明显危害。若囊肿直径小于4厘米且未引发疼痛、血尿等症状，通常无需特殊治疗，定期复查即可。
2、可能缩小的情况
极少数继发性囊肿如感染性囊肿，在感染控制后可能出现体积缩小；多囊肾患者若出现囊肿破裂，囊液吸收后可能暂时减小，但属于病理状态需医学干预。此类情况较为特殊，不能视为囊肿自行消失。
建议确诊肾囊肿后每6-12个月进行超声复查，观察囊肿大小和形态变化。若囊肿短期内快速增大、囊壁增厚或出现分隔等异常表现，需进一步检查排除恶性病变可能。日常注意避免腹部撞击，控制血压和血糖，降低肾脏负担。