肾气丸与金匮肾气丸在药物成分、功效侧重及适应证等方面存在区别，具体用药需结合病情遵医嘱选择。
肾气丸通常指张仲景《金匮要略》记载的经典方剂，由干地黄、山药、山茱萸、泽泻、茯苓、牡丹皮、桂枝、附子八味药组成，核心功效为补肾助阳，适用于肾阳不足引起的腰膝酸软、小便不利、畏寒肢冷等症状。该方剂通过少量温阳药物配合滋阴药材，体现“阴中求阳”的中医理念。
金匮肾气丸多为后世在肾气丸基础上加减而成，常见版本增加了牛膝、车前子两味药材，演变为济生肾气丸的组方。新增的牛膝可引药下行、强健筋骨，车前子增强利水渗湿功效，使得该方更适用于肾阳虚伴水肿、下肢浮肿、小便困难等水液代谢异常明显的病症。其温阳利水作用较原方更为突出。
两者在临床应用时需注意区分：经典肾气丸侧重整体温补肾阳，适合单纯肾阳虚证；金匮肾气丸（济生肾气丸）更适合肾虚水肿、小便不利等水湿停滞的情况。现代中成药生产可能存在同名异方的情况，具体成分需参照药品说明书。建议在中医师辨证指导下，根据具体症状表现、体质特点选择合适制剂，避免误用影响疗效。