肺与大肠相表里理论在临床的应用主要体现在呼吸系统与消化系统疾病的联合治疗、针灸选穴配伍以及中药配伍等方面。该理论源自《黄帝内经》，强调两者在生理功能与病理传变上的密切关联，为临床诊疗提供了独特的辨证思路。
1、呼吸系统疾病兼顾肠道调理
对于慢性咳嗽、哮喘等肺系疾病伴随便秘或肠道功能紊乱者，常通过通腑泄热改善肺气宣降。例如使用杏仁、瓜蒌仁等润肠通便药物，配合紫菀、枇杷叶等止咳化痰药，代表方剂如麻子仁丸。现代研究显示肠道菌群失调可能加重呼吸道炎症，此法在慢阻肺合并便秘患者中疗效显著。
2、肠道疾病配合肺气调理
治疗顽固性便秘时，采用宣肺润肠法，常用桔梗、前胡等开宣肺气药物配伍火麻仁、郁李仁等润肠药。对于溃疡性结肠炎急性发作伴咳嗽症状者，通过清肺热减轻肠道炎症反应，临床可见便血症状随咳喘缓解而减轻。
3、针灸经络配伍应用
选取手太阴肺经与手阳明大肠经协同取穴，如孔最配天枢治疗咳喘伴腹胀，列缺配合谷调理外感发热伴便秘。耳穴治疗时肺区与大肠区常联合贴压，对术后肠麻痹合并肺不张有协同调节作用。
临床应用该理论时需注意辨证准确性，肠燥便秘属肺阴不足者宜用养阴润肺法，而痰热壅肺导致的肠腑不通则需清热化痰。建议在执业中医师指导下进行个体化治疗，避免机械套用理论。伴有严重器质性病变者应及时进行现代医学检查，中西医结合治疗可提升临床疗效。