绒毛穿刺的风险通常略高于羊水穿刺，但具体风险需结合孕妇个体情况和操作技术评估。两种检查均属于有创产前诊断手段，建议在医生指导下选择。
绒毛穿刺的主要风险包括操作相关流产、胎盘出血及极少数胎儿肢体发育异常。该检查多在孕11-14周进行，因需穿透胎盘获取绒毛组织，可能引发约0.5%-1%的流产风险。羊水穿刺通常在孕16-22周实施，通过抽取羊水检测，流产风险约为0.25%-0.5%，相对较低。其潜在风险还包括羊水渗漏和宫内感染，但发生率普遍低于1%。
两种检查的选择需综合考量孕周、胎盘位置及检测需求。建议孕妇在进行产前诊断前，充分与产科医生沟通自身孕史、检查目的及风险承受能力，由专业医师评估最适宜方案。检查后应注意观察阴道流液、腹痛等情况，出现异常及时就医。