鳞状上皮化生是否能自愈主要取决于病因是否消除。若原发刺激因素得到及时控制，部分情况可能自行恢复；若持续存在刺激，则可能进展为不可逆病变。
鳞状上皮化生是机体对慢性刺激的适应性改变，常见于长期炎症或理化因素刺激。当宫颈、支气管等部位黏膜持续受到感染、吸烟或化学物质刺激时，柱状上皮会转化为复层鳞状上皮以实现自我保护。这种情况下，消除吸烟、治疗慢性宫颈炎或反流性食管炎等原发疾病后，约30%-50%的病例可能出现逆转。例如戒烟后支气管黏膜修复约需3-6个月。
但若刺激因素持续存在超过6-12个月，细胞可能发生不可逆改变。长期胃食管反流导致的Barrett食管化生，10%-15%可能进展为异型增生。临床观察显示，持续HPV感染的宫颈鳞状化生患者，5年内癌变风险较普通人高3-5倍。病理学上超过3级的分化异常往往提示不可逆改变。
建议存在相关病变者每6-12个月进行细胞学筛查和病因检测。确诊后需规范治疗原发病，宫颈炎患者需同步治疗HPV感染，胃食管反流患者应进行抑酸治疗。日常需避免吸烟、过度阴道冲洗等刺激行为，规律复查有助于早期发现病变进展。