胶囊内镜目前尚不能完全替代胃镜和肠镜检查。胶囊内镜主要用于小肠疾病的诊断，而传统胃镜和肠镜在检查范围、活检及治疗功能上具有不可替代的优势。
1、检查范围差异
胶囊内镜的优势在于无创检查小肠，可完整拍摄整个小肠黏膜，适用于不明原因消化道出血、克罗恩病等小肠疾病的筛查。但对于胃和结肠的观察，传统胃镜和肠镜的视野清晰度和操控性更优，尤其能重点观察可疑病变区域。
2、功能局限性
传统胃肠镜可直接进行组织活检、息肉切除、止血等治疗操作。例如，发现胃溃疡时能取样检测幽门螺杆菌，遇到结肠息肉可即时电切。而胶囊内镜仅具备影像记录功能，无法实现实时干预，若发现病变仍需后续内镜或手术处理。
3、互补应用场景
对于无法耐受传统内镜的患者，或需要评估小肠情况时，胶囊内镜可作为补充手段。例如，在胃镜和肠镜检查未找到出血源的情况下，采用胶囊镜排查小肠血管畸形。但胃、食管、结直肠的初诊和复查仍以传统内镜为首选。
是否选择胶囊内镜需根据病情决定。建议患者在进行消化道检查前，向消化科医生详细描述症状，由医生评估后选择最合适的检查方式。对于高风险人群（如家族肠癌史），仍推荐定期接受传统肠镜检查以便早期干预。