甲状腺滤泡囊肿部分情况下可能自行消失，但多数需要医学干预。其是否能够自愈通常与囊肿大小、病因及是否伴随症状相关，需根据个体情况判断。
1、体积较小的囊肿
若囊肿直径小于3厘米且无感染、出血等情况，可能随着炎症消退或体液吸收而逐渐缩小甚至消失。此类囊肿建议每3-6个月通过超声复查监测变化。
2、持续存在的囊肿
直径超过3厘米或存在时间超过6个月的囊肿，由于囊壁纤维化及囊液持续分泌，通常无法自行消失。此类囊肿可能压迫气管引起呼吸困难，或压迫喉返神经导致声音嘶哑，需考虑穿刺抽液或手术治疗。
3、伴随病理改变
若囊肿内部出现钙化、血流信号异常或伴有甲状腺功能异常，往往提示存在结节性甲状腺肿、甲状腺腺瘤等基础疾病，此类囊肿不会自行消退，需通过病理活检明确性质后制定治疗方案。
出现甲状腺滤泡囊肿建议定期进行甲状腺功能检测和超声检查，若短期内体积增大超过20%、出现颈部疼痛或吞咽困难等症状，应及时到内分泌科或普外科就诊。通过规范诊疗可有效控制病情进展，患者无需过度焦虑。