会厌囊肿一般不会发生癌变。会厌囊肿是发生在会厌黏膜下的囊性病变，多数情况下属于良性，生长缓慢且边界清晰。大多数患者没有明显症状，通常在体检时偶然发现。
会厌囊肿的囊壁主要由上皮细胞构成，内部充满黏液或浆液。这类囊肿的病理性质以潴留性或表皮样囊肿为主，其细胞分化良好，增殖活性低。目前医学研究尚未发现会厌囊肿直接转化为恶性肿瘤的明确证据。但在极少数情况下，若囊肿长期受到吸烟、酗酒或胃酸反流等理化因素刺激，可能出现局部黏膜的异常增生，此时需通过病理活检排除恶性病变。
如果囊肿体积短期内迅速增大，或出现吞咽疼痛、痰中带血等症状，建议及时进行喉镜检查。医生可能会根据情况选择支撑喉镜下囊肿切除术或低温等离子消融术进行治疗。术后将切除组织送病理检查是明确诊断的金标准。
日常生活中应避免辛辣饮食和烟酒刺激，减少咽喉反流的发生。定期复查有助于监测囊肿变化，若发现异常增生倾向，可早期干预处理。