核酶与核酸酶的主要区别在于化学本质、作用对象及催化特性。核酶是具有催化功能的RNA分子，而核酸酶是催化核酸降解的蛋白质酶类。
核酶的本质为RNA，其本身既是催化剂又是底物的一部分，能够通过特定的空间结构识别并切割自身或其他RNA分子。例如在RNA剪接过程中，某些内含子可通过核酶活性实现自我剪切。核酸酶则由蛋白质构成，属于传统意义上的酶，依赖活性中心与底物结合，可作用于DNA或RNA的外源或损伤部分，如限制性内切酶能特异性识别双链DNA的特定序列并进行切割。
核酸酶的功能集中于降解核酸分子，参与DNA修复、基因重组等过程。核酶除催化RNA剪切外，还可参与RNA病毒的复制周期，比如肝炎病毒RNA的自我加工。在应用层面，核酸酶作为基因编辑工具广泛应用于CRISPR等技术，而核酶因具有RNA靶向性，在抗病毒治疗和基因表达调控研究中显示出潜力。
建议在实验中选择工具酶时，需根据具体的研究目标和作用底物特性进行筛选。涉及基因操作或疾病治疗的相关研究，应在专业人员指导下进行方案设计。