感染食脑虫能否治愈，通常与感染的严重程度、治疗时机等因素相关。原发性阿米巴脑膜脑炎属于罕见但致死率极高的疾病，但早期积极干预可能提高生存机会。
1、多数情况下预后极差
福氏耐格里阿米巴感染引起的脑膜脑炎进展迅速，通常在出现头痛、发热等症状后1周内迅速发展为昏迷。由于该寄生虫对脑组织的破坏性强，且确诊时多已发生不可逆损伤，临床统计显示死亡率超过95%。
2、少数治愈案例存在
近年文献报道显示，在感染72小时内联合使用米替福新、两性霉素B等高渗透性抗寄生虫药物，配合亚低温脑保护、控制颅内压等综合治疗，可使个别患者存活。2022年美国CDC报告显示，全球存活案例不足10例，均存在早期诊断特征。
3、治疗存在客观困难
抗阿米巴药物难以穿透血脑屏障达到有效浓度，常规抗真菌药物对滋养体杀灭效果有限。实验性药物如米替福新虽能抑制寄生虫代谢，但需要与病灶冲洗、腰大池引流等侵入性操作联合应用，对医疗机构的综合救治能力要求极高。
日常应避免在未经消毒的温泉水体游泳，潜水时使用鼻夹防护。若接触可疑水体后出现喷射状呕吐、颈部强直等症状，需立即前往具备重症救治能力的医院就诊。任何疑似暴露史都应主动告知接诊医生，争取黄金救治时间窗。