虫草菌粉与冬虫夏草在来源、成分、功效及临床应用等方面存在一定差异。虫草菌粉一般是通过人工发酵培养的虫草菌丝体制成，而冬虫夏草是麦角菌科真菌寄生在蝙蝠蛾幼虫体内形成的复合体。
1、来源不同
冬虫夏草是天然形成的生物体，需特定海拔的蝙蝠蛾幼虫感染虫草菌后生成，生长周期长且资源稀缺。虫草菌粉多为实验室通过生物工程技术培养的单一菌种（如蝙蝠蛾拟青霉）发酵产物，可实现规模化生产。
2、成分差异
冬虫夏草含虫草素、虫草酸、多糖、氨基酸及微量元素等多种活性成分，其成分复杂且存在种属特异性。虫草菌粉主要成分为菌丝体代谢产物，如腺苷、虫草多糖等，部分菌粉通过优化发酵条件可提高特定成分含量。
3、应用区别
冬虫夏草在传统中医中用于肺肾两虚、久咳虚喘等症，常见于复方煎剂或研粉冲服。虫草菌粉多作为现代制剂原料，如金水宝胶囊、至灵菌丝胶囊等中成药，其成分可控性更强，临床多用于慢性肾功能不全、肺纤维化等疾病的辅助治疗。
由于冬虫夏草属于国家二级保护物种且存在重金属超标风险，建议在医生指导下选择经药监部门批准的虫草菌粉制剂。两者均需辨证使用，避免盲目进补，过敏体质者使用前应咨询专业医师。