阿托品0.01%眼药水作为散瞳药物，在规范使用的情况下通常安全性较高，但仍可能存在一定的副作用。多数患者用药后反应轻微，且停药后可逐渐恢复，无需过度担忧。
阿托品0.01%眼药水的主要副作用包括瞳孔散大、视近物模糊等。由于该药物属于抗胆碱能药物，可能暂时抑制眼部睫状肌的调节功能，导致近距离用眼时出现视力模糊，这一现象在停药后通常可逆。此外，部分敏感人群可能出现畏光、眼压升高等反应，尤其是存在房角狭窄或青光眼风险的患者需谨慎使用。长期使用的情况下，极少数患者可能因药物蓄积引发口干、面部潮红等全身反应，但临床发生率较低。
使用阿托品0.01%眼药水前应进行专业眼科检查，排除青光眼等禁忌证。用药期间需遵医嘱定期复查眼压和调节功能，若出现持续畏光、眼痛或视力异常加重等情况，应立即停用并就诊。家长应注意儿童使用后避免强光刺激，外出时可佩戴遮阳帽或防蓝光眼镜进行防护。