柯萨奇病毒B组感染的严重程度因人而异，多数情况下症状较轻，但部分人群可能出现严重并发症。是否严重主要取决于患者的年龄、免疫状态以及是否合并其他基础疾病。
婴幼儿或免疫功能低下的人群感染后可能出现较重的病情。该病毒可侵犯心肌，引发病毒性心肌炎，表现为胸闷、心悸、呼吸困难等症状。在新生儿中可能引起急性重症肝炎或脑膜脑炎，出现持续高热、惊厥、意识障碍等危险症状。孕妇感染存在垂直传播风险，可能导致胎儿发育异常或流产。
成年人感染通常以手足口病或疱疹性咽峡炎为主，表现为口腔疱疹、发热、皮疹等症状，多数在7-10天内自愈。部分患者可能出现无菌性脑膜炎，伴有头痛、颈部僵硬等神经系统症状，但多数预后良好。极少数病例可能发展为慢性心肌病，影响心脏功能。
若出现持续高热不退、呼吸急促、意识模糊等严重症状，需立即就医。日常需注意手部卫生，避免接触患者分泌物。婴幼儿出现拒食、精神萎靡等症状时应及时就诊，孕妇确诊感染后应加强产检监测胎儿发育情况。