自身免疫性肝病通常无法完全治愈，但通过规范治疗多数患者可有效控制病情进展。其治疗效果与疾病类型、发现时机及个体差异密切相关，需根据具体情况制定长期管理方案。
自身免疫性肝病主要包括自身免疫性肝炎、原发性胆汁性胆管炎等类型。早期诊断并规范使用免疫抑制剂如泼尼松、硫唑嘌呤等药物，配合熊去氧胆酸等保肝治疗，可使80%以上患者实现生化指标缓解，阻止肝纤维化进展。若病程已进展至失代偿期肝硬化，则治疗目标转为控制并发症，如腹水、食管静脉曲张等，此时难以逆转肝脏损伤。
部分原发性胆汁性胆管炎患者对药物反应良好，可维持10年以上病情稳定。但原发性硬化性胆管炎患者预后相对较差，终末期需考虑肝移植。治疗过程中需警惕药物相关副作用，如骨质疏松、感染风险增加等，需定期监测肝功能和免疫指标。
建议确诊患者每3-6个月复查肝功能、自身抗体等指标，严格遵医嘱调整用药方案。日常应避免肝毒性物质接触，保持均衡饮食和适度运动。治疗期间出现皮肤巩膜黄染、腹胀等症状加重时，应及时肝病专科就诊评估病情。