按摩神门穴的最佳时间一般根据个人需求而定，通常可选择早晨、睡前或疲劳时进行。该穴位位于腕横纹尺侧端，属手少阴心经，正确按摩有助于调节心神、改善相关症状。
早晨起床后按摩神门穴有助于提神醒脑，通过刺激穴位促进气血运行，帮助缓解晨起时的困倦感。此时可用拇指指腹以适中力度按揉3-5分钟，配合深呼吸效果更佳。午后或工作疲劳时按摩可缓解焦虑情绪，此阶段按摩时建议配合按压内关穴，采用点按与环形揉动相结合的手法，每次持续2-3分钟，能有效改善注意力涣散等问题。睡前1小时按摩则利于安神助眠，此时可用温热毛巾热敷穴位后，以轻柔力度顺时针按揉50-100次，有助于平复亢奋的心火。
按摩时需注意保持指甲修剪圆润，避免皮肤破损。孕妇、局部皮肤破损或患有严重心脏疾病者应谨慎操作。若出现心悸加重、眩晕等异常反应需立即停止，建议在中医师指导下根据体质进行穴位配伍，配合三阴交、百会等穴位可增强调理效果。