流行性感冒的病原体是流感病毒，而非细菌。流感病毒主要分为甲型、乙型和丙型三种类型，其中甲型和乙型流感病毒是引起季节性流感的主要病原体。
甲型流感病毒具有较高的变异性，其表面抗原（血凝素和神经氨酸酶）容易发生突变，导致病毒能够逃避宿主免疫系统的识别。这种特性使得甲型流感病毒可能引发大规模流行，例如H1N1和H3N2亚型。乙型流感病毒变异速度较慢，主要在人类中传播，通常引起局部暴发。丙型流感病毒则多引起轻微呼吸道症状。
流感病毒通过飞沫传播，当感染者咳嗽、打喷嚏时，携带病毒的飞沫可在空气中短距离传播。病毒也可通过接触被污染物体表面后触摸口鼻传播。人群普遍易感，但老年人、儿童、孕妇及慢性病患者感染后更易出现肺炎等并发症。
建议在高发季节前接种流感疫苗，疫苗成分会根据世界卫生组织推荐的当年流行毒株进行更新。日常需保持室内通风，避免接触发热患者，出现持续高热、肌肉酸痛等症状时应及时就医进行病原学检测，早期使用奥司他韦等抗病毒药物可有效缩短病程。