EB病毒感染目前尚无公认的最佳药物，治疗方案需根据患者的年龄、免疫状态及病情严重程度进行个体化选择。常见的治疗方法包括抗病毒药物、免疫调节剂、对症治疗药物、营养支持以及中医药治疗等。
1、抗病毒药物
阿昔洛韦、更昔洛韦等核苷类似物可通过抑制病毒DNA聚合酶活性控制EB病毒复制。这类药物对口腔溃疡、淋巴结肿大等症状有缓解作用，但需在发病早期使用效果较佳，长期使用需监测肾功能。
2、免疫调节剂
干扰素α、静脉注射丙种球蛋白等适用于免疫功能低下患者，可通过调节T淋巴细胞功能增强机体清除病毒能力。胸腺肽等免疫增强剂常与抗病毒药物联用，对慢性活动性EB病毒感染效果较好。
3、对症治疗药物
高热患者可使用布洛芬混悬液等退热药，肝功能异常者可联用复方甘草酸苷片进行保肝治疗。合并细菌感染时可短期使用阿莫西林克拉维酸钾，但需避免滥用抗生素。
4、营养支持
急性期需保证优质蛋白摄入，适量补充维生素C和锌元素。吞咽困难者可选择肠内营养粉剂，严重口腔溃疡患者建议采用冷流质饮食，避免酸性食物刺激黏膜。
5、中医药治疗
板蓝根颗粒、金银花露等中成药具有清热解毒功效，黄芪颗粒等扶正类药物可改善免疫功能。中药汤剂需经中医师辨证施治，常采用青蒿鳖甲汤等经典方剂加减。
EB病毒感染具有自限性特点，多数患者通过充分休息即可自愈。若出现持续发热超过1周、肝脾肿大或全血细胞减少等情况，应及时到感染科就诊。抗病毒药物使用需严格遵循医嘱，育龄期女性用药期间应注意避孕措施，肝功能异常者需调整药物剂量。