火麻仁长期服用通常不会直接导致肠道变黑，但需注意用药合理性。肠道变黑多见于长期使用蒽醌类泻药引发的结肠黑变病，而火麻仁不含此类成分。
火麻仁作为润肠通便的中药，其作用机制是通过所含的脂肪油润滑肠道、促进排便。与蒽醌类泻药不同，它不会直接刺激肠壁神经导致色素沉积。临床上结肠黑变病主要与番泻叶、芦荟等含蒽醌成分的泻药相关，这类物质会引起肠道黏膜的病理改变。
但长期依赖火麻仁通便可能减弱肠道自主蠕动功能，导致排便依赖。特别是超过4周的连续使用可能干扰肠道正常功能，出现腹胀、排便无力等不良反应。特殊人群如孕妇、哺乳期妇女更需谨慎，动物实验提示大剂量火麻仁可能存在神经毒性。
使用火麻仁应遵循中医辨证原则，建议连续服用不超过2周。出现排便习惯改变或腹部不适时应及时停药，老年患者需排除器质性病变后再行通便治疗。任何泻药都应在医师指导下合理使用，避免自行长期服药。