益生菌的使用时间因人而异，通常需根据症状改善情况调整，建议在医生指导下决定停药时机。若用于缓解急性腹泻或短期肠道不适，症状好转后可逐渐停用；而针对慢性肠道问题或免疫力调节，可能需要较长时间服用。
益生菌的具体使用周期受多种因素影响。例如急性胃肠炎引起的腹泻，一般服用1~2周即可；若为肠易激综合征、抗生素相关性腹泻等慢性问题，可能需要持续服用4~8周。不同菌株的作用时长也存在差异，如乳杆菌属见效相对较快，而双歧杆菌可能需要更长时间定植。婴幼儿服用益生菌改善肠绞痛时，通常建议至少连续服用3周评估效果。对于健康人群的日常保健，不建议长期不间断使用。
建议在服用益生菌期间定期复诊，由医生评估肠道菌群恢复情况。停药时应采取循序渐进的方式，避免突然中断，可逐步减少单日服用次数。若出现症状反复，需及时咨询医生调整方案。需注意益生菌制剂不能替代药物治疗，对于器质性疾病仍需针对病因进行治疗。